Ограничения сопоставительного моделирования

Учебные материалы по биологии / Проблемы моделирования трехмерной структуры белков. Методы их решения / Ограничения сопоставительного моделирования

В некоторых случаях основополагающая концепция метода моделирования по гомологии - «близкие последовательности упаковываются в близкие структуры» - нарушается. Белки, чьи последовательности практически идентичны и содержат лишь несколько замен, иногда могут принимать различные конформации. Некоторые белки при ди- или олигомеризации обмениваются доменами, в результате чего структура мономеров в составе олигомера и отдельно взятого мономера совершенно не похожи. Такие события не прогнозируются ни сопоставительным моделированием, ни другим теоретическим методам предсказания пространственной структуры.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Хотя точность моделирования, как правило, оставляет желать лучшего, прогресс в развитии методов предсказания неизбежен. Во-первых, он позволяет суммировать весь накопленный опыт в одной технологической платформе, которой могут воспользоваться исследователи, не занимающиеся молекулярным моделированием, в том числе и через интернет. А во-вторых, появляется возможность строить модели огромного количества белков - например, всех белков, идентифицированных в геноме какого-нибудь отдельно взятого организма. Существуют интернет-ресурсы, содержащие компьютерные модели огромного числа белков, полученные автоматически в результате запуска такого масштабного «геномно-протеомного» моделирования.novo предсказания, помимо собственно моделирования структуры, могут оказать дополнительную помощь проектам по структурной геномике, указывая белки с не найденным ранее типом укладки. Смысл такого крупномасштабного моделирования созвучен целям глобального проекта по структурной геномике, направленного на получение трёхмерной структуры всех известных белков - в результате прямых экспериментов или компьютерных расчётов.