Ограничения сопоставительного моделирования

Учебные материалы по биологии / Проблемы моделирования трехмерной структуры белков. Методы их решения / Ограничения сопоставительного моделирования

В некоторых случаях основополагающая концепция метода моделирования по гомологии - «близкие последовательности упаковываются в близкие структуры» - нарушается. Белки, чьи последовательности практически идентичны и содержат лишь несколько замен, иногда могут принимать различные конформации. Некоторые белки при ди- или олигомеризации обмениваются доменами, в результате чего структура мономеров в составе олигомера и отдельно взятого мономера совершенно не похожи. Такие события не прогнозируются ни сопоставительным моделированием, ни другим теоретическим методам предсказания пространственной структуры. KRAB1.ONION

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Хотя точность моделирования, как правило, оставляет желать лучшего, прогресс в развитии методов предсказания неизбежен. Во-первых, он позволяет суммировать весь накопленный опыт в одной технологической платформе, которой могут воспользоваться исследователи, не занимающиеся молекулярным моделированием, в том числе и через интернет. А во-вторых, появляется возможность строить модели огромного количества белков - например, всех белков, идентифицированных в геноме какого-нибудь отдельно взятого организма. Существуют интернет-ресурсы, содержащие компьютерные модели огромного числа белков, полученные автоматически в результате запуска такого масштабного «геномно-протеомного» моделирования.novo предсказания, помимо собственно моделирования структуры, могут оказать дополнительную помощь проектам по структурной геномике, указывая белки с не найденным ранее типом укладки. Смысл такого крупномасштабного моделирования созвучен целям глобального проекта по структурной геномике, направленного на получение трёхмерной структуры всех известных белков - в результате прямых экспериментов или компьютерных расчётов.