Моделирование по гомологииУчебные материалы по биологии / Проблемы моделирования трехмерной структуры белков. Методы их решения / Моделирование по гомологииСтраница 2
· Оценка качества, оптимизация и использование модели. Самый сложный этап моделирования по гомологии - оптимизировать модель с учётом всей доступной биологической информации по моделируемому белку. Вообще, моделирование структуры по гомологии с белком, выполняющим отличную функцию, не способно автоматически дать модель, пригодную для практически важных задач.
Низкая гомология (<30% идентичности) часто уже не может быть корректно идентифицирована с помощью парного выравнивания последовательностей из-за слишком большого числа накопившихся замен, «маскирующих» последовательность белка, который, возможно, всё же сохранил определённое структурное сходство с каким-либо известным белком-«шаблоном». В этом случае часто используют методики поиска по профилям последовательностей, в которых для «запроса» к базе последовательностей используется не одиночная последовательность, а профиль, сконструированный на основе множественного выравнивания - своеобразная метапоследовательность, кодирующая в себе эволюционную вариабельность данного белка. С помощью этой методики иногда удаётся «вычислить» пригодный для моделирования структурный шаблон, несмотря на то, что идентичность последовательностей с ним составляет лишь 10-15%. Если же ни с помощью «традиционных» подходов поиска гомологичных последовательностей, ни с помощью профилей найти структурный гомолог не удаётся, единственный способ получить предсказание - это de novo методы.
Смотрите также
Физические формы травянистых растений в Еврейской автономной области
ВВЕДЕНИЕ
Тема
данной работы: «Жизненные формы растений в Еврейской автономной области».
Одна
из основных проблем современной биоморфологии- это отсутствие единого подхода к
поняти ...
Структурные компоненты нервной системы
...
Влияние курения на морфофункциональное состояние мозга и интеллектуальную деятельность
Введение
Россия по распространенности табакокурения занимает одно из первых
мест в мире; при этом от болезней, связанных с курением, в стране ежегодно
умирает до 400 тысяч человек, а ...