Моделирование по гомологии
Страница 2

· Оценка качества, оптимизация и использование модели. Самый сложный этап моделирования по гомологии - оптимизировать модель с учётом всей доступной биологической информации по моделируемому белку. Вообще, моделирование структуры по гомологии с белком, выполняющим отличную функцию, не способно автоматически дать модель, пригодную для практически важных задач.

Низкая гомология (<30% идентичности) часто уже не может быть корректно идентифицирована с помощью парного выравнивания последовательностей из-за слишком большого числа накопившихся замен, «маскирующих» последовательность белка, который, возможно, всё же сохранил определённое структурное сходство с каким-либо известным белком-«шаблоном». В этом случае часто используют методики поиска по профилям последовательностей, в которых для «запроса» к базе последовательностей используется не одиночная последовательность, а профиль, сконструированный на основе множественного выравнивания - своеобразная метапоследовательность, кодирующая в себе эволюционную вариабельность данного белка. С помощью этой методики иногда удаётся «вычислить» пригодный для моделирования структурный шаблон, несмотря на то, что идентичность последовательностей с ним составляет лишь 10-15%. Если же ни с помощью «традиционных» подходов поиска гомологичных последовательностей, ни с помощью профилей найти структурный гомолог не удаётся, единственный способ получить предсказание - это de novo методы.

Страницы: 1 2 

Смотрите также

Особенности реакции ССС на нагрузку у детей младшего школьного возраста, состоящих в основной группе здоровья по физической культуре и занимающихся спортом, по тесту Руфье
Введение Актуальность - физическое развитие детей и подростков является одним из важных показателей здоровья и благополучия. Изучение реакции физической работоспособности детей за ...

Сердце - центральный орган сердечно-сосудистой системы
...

Изучение биохимии питания
Введение Биохимия - наука, изучающая химический состав живой материи, функции и превращения химических составных частей организма в процессе его жизнедеятельности. Исследуя живой о ...

 
 




Copyright © 2013 - Все права защищены - www.biotheory.ru