Моделирование по гомологии
Страница 2

· Оценка качества, оптимизация и использование модели. Самый сложный этап моделирования по гомологии - оптимизировать модель с учётом всей доступной биологической информации по моделируемому белку. Вообще, моделирование структуры по гомологии с белком, выполняющим отличную функцию, не способно автоматически дать модель, пригодную для практически важных задач.

Низкая гомология (<30% идентичности) часто уже не может быть корректно идентифицирована с помощью парного выравнивания последовательностей из-за слишком большого числа накопившихся замен, «маскирующих» последовательность белка, который, возможно, всё же сохранил определённое структурное сходство с каким-либо известным белком-«шаблоном». В этом случае часто используют методики поиска по профилям последовательностей, в которых для «запроса» к базе последовательностей используется не одиночная последовательность, а профиль, сконструированный на основе множественного выравнивания - своеобразная метапоследовательность, кодирующая в себе эволюционную вариабельность данного белка. С помощью этой методики иногда удаётся «вычислить» пригодный для моделирования структурный шаблон, несмотря на то, что идентичность последовательностей с ним составляет лишь 10-15%. Если же ни с помощью «традиционных» подходов поиска гомологичных последовательностей, ни с помощью профилей найти структурный гомолог не удаётся, единственный способ получить предсказание - это de novo методы.

Страницы: 1 2 

Смотрите также

Краткая характеристика микрофлоры Арктики
ВВЕДЕНИЕ Одним из уникальных мест обитания экстремофильных микроорганизмов, является арктическая зона с присущей ей многолетней мерзлотой. Арктические моря отличаются от остальных ...

Лютеинизирующий и фолликулостимулирующий гормоны. Физиологическая роль и механизмы регуляции
Введение В последнее время были выявлены новые особенности работы гонадотрофов передней доли гипофиза, касающиеся различных механизмов продукции и секреции лютеинизирующего (ЛГ) и фол ...

Гриб Шиитаке. Применение в медицинской практике
Введение Цель моего исследования - изучить гриб Шиитаке, его историю, химический состав, использование, методы культивирования. Описать широту использования в медицинской практике, п ...

 
 




Copyright © 2013 - Все права защищены - www.biotheory.ru