Моделирование по гомологии
Страница 2

· Оценка качества, оптимизация и использование модели. Самый сложный этап моделирования по гомологии - оптимизировать модель с учётом всей доступной биологической информации по моделируемому белку. Вообще, моделирование структуры по гомологии с белком, выполняющим отличную функцию, не способно автоматически дать модель, пригодную для практически важных задач.

Низкая гомология (<30% идентичности) часто уже не может быть корректно идентифицирована с помощью парного выравнивания последовательностей из-за слишком большого числа накопившихся замен, «маскирующих» последовательность белка, который, возможно, всё же сохранил определённое структурное сходство с каким-либо известным белком-«шаблоном». В этом случае часто используют методики поиска по профилям последовательностей, в которых для «запроса» к базе последовательностей используется не одиночная последовательность, а профиль, сконструированный на основе множественного выравнивания - своеобразная метапоследовательность, кодирующая в себе эволюционную вариабельность данного белка. С помощью этой методики иногда удаётся «вычислить» пригодный для моделирования структурный шаблон, несмотря на то, что идентичность последовательностей с ним составляет лишь 10-15%. Если же ни с помощью «традиционных» подходов поиска гомологичных последовательностей, ни с помощью профилей найти структурный гомолог не удаётся, единственный способ получить предсказание - это de novo методы.

Страницы: 1 2 

Смотрите также

Теория "естественного отбора" Ч. Дарвина
Введение В 2001 году исполнилось 142 года со дня выхода в свет “Происхождения видов” и торжества теории эволюции. Просвещенная общественность настолько сжилась с представлениями Дарви ...

Принципы и факторы анатомической изменчивости
Введение Собственная родословная всегда интересовала людей больше, чем происхождение растений и животных. Долгое время научные знания были слишком отрывистыми и неполными, чтобы реши ...

Моделирование биохимических и генетических процессов в клетке
Введение Каждая биологическая система обладает свойством саморегуляции, то есть способностью перестраиваться в зависимости от внешних воздействий так, чтобы сохранился оптимальный ур ...

 
 




Copyright © 2013 - Все права защищены - www.biotheory.ru