Материалы и методы

Учебные материалы по биологии / Возможность использования украинских фамилий в качестве квазигенетических маркёров / Материалы и методы

Страница 2

,

где - тотальный инбридинг, определяемый соотношением случайного и неслучайного инбридинга; fn - неслучайный инбридинг, связанный с положительной или же отрицательной брачной ассортативностью (соответствует F[S); fr - случайный инбридинг, связанный с подразделенностью тотальной популяции, оценивает вклад j-той субпопуляции в дифференциацию тотального генофонда [3].

Для любой популяции (j) можно оценить величину случайного инбридинга по частотам фамилий следующим образом:

= I/4,

где I - ожидаемая частота изонимных (однофамильных) браков в j-той популяции, т.е.

где - частота i-той фамилии в j-той субпопуляции, а коэффициент 1/4 учитывает передачу фамилий лишь по мужской линии [3].

. Расчёт частоты аллелей белковых локусов , , R, r.

Закон Харди-Вайнберга гласит, что процесс наследственной преемственности сам по себе не ведет к изменению частот аллелей и (при случайном скрещивании) частот генотипов по определенному локусу. Более того, при случайном скрещивании равновесные частоты генотипов по данному локусу достигаются за одно поколение, если исходные частоты аллелей одинаковы у обоих полов. Равновесные частоты генотипов задаются произведениями частот соответствующих аллелей. Если имеются только два аллеля, А и а, с частотами р и q, то частоты трех возможных генотипов выражаются уравнением:

(p+q)2 = p2 + 2рq + q2

А а АА Аа аа,

где буквам во второй строке, обозначающим аллели и генотипы, соответствуют расположенные над ними частоты в первой строке.

Если имеются три аллеля, скажем А1, А2 и А3, с частотами р, q и r, то частоты генотипов определяются следующим образом:

(p + q + r)2 = р2 + q2 + r2 + 2pq+ 2рr + 2qr

А1 А2 А3 А1А1 А2А2 А3А3 А1А2 А1А3 А2А3

Аналогичный прием возведения в квадрат многочлена может быть использован для определения равновесных частот генотипов при любом числе аллелей. Заметим, что сумма всех частот аллелей, так же как и сумма всех частот генотипов, всегда должна быть равна 1. Если имеются только два аллеля с частотами р и q, то р + q = 1, и, следовательно, р2 + 2рq + q2 = (р + q)2 = 1; если же имеется три аллеля с частотами р, q и r, то р + q + r = 1, и, следовательно, также (р + q + r)2 =1 и т.д. [1].

. Расчёт генетических расстояний.

Для расчёта генетических расстояний между популяциями с использованием фамилий и сравнения их с генетическими расстояниями, рассчитанными по данным о частотах аллелей локусов , , R, r, использовались данные из курсовой за 2010 год («Генотипическое и фенотипическое разнообразие населения Украины по группам крови») (табл. 4). Генетические расстояния определялись по [Nei, 1975]. Генетическое расстояние между двумя популяциями (i и j) рассчитывалось по формуле:

где pai - частота аллеля a в популяции i, l - общее число аллелей в локусах, по которым идет сравнение [2].

Расчет генетических расстояний проводился в программе GDist (ЛПГЧ МГНЦ РАМН).